К финалу игры Майор П-3 узнает шокирующую правду о своем прошлом и о тех, кому он доверял.

Правда о жене П-3 и Близняшках Выясняется, что у П-3 была жена, но он потерял память из-за травм на войне. Сеченов имплантировал ему в мозг нейрополимерное расширение, которое стерло болезненные воспоминания (включая память о жене). Тело жены П-3 не удалось спасти, но Сеченов сохранил слепок её профессиональных навыков (она была мастером боевых искусств и балериной) и загрузил их в двух элитных роботов-телохранителей — Левую и Правую (Близняшек).

Кто настоящий злодей? На протяжении всей игры ХРАЗ (оцифрованный Захаров) убеждает П-3, что Сеченов хочет поработить человечество, заперев умы людей в Лимбе. Захаров настаивает на убийстве Сеченова.

Игроку предстоит сделать выбор: Сражаться с Сеченовым или Уйти (Не сражаться).

Концовка 1 (Бой с Сеченовым — Истинная природа Захарова) Если П-3 решает атаковать Сеченова:

  1. Майор побеждает Близняшек и добирается до ученого.
  2. Выясняется грандиозный сюжетный поворот: Сеченов не собирался управлять разумом людей.
  3. Именно ХРАЗ (Захаров) тайно использовал нейромодуль в голове П-3, чтобы отправлять его в Лимб и использовать тело Майора для убийства Молотова и доктора Ларисы.
  4. Захаров бьет П-3 током, вырывается из перчатки, прыгает в ванну с красным полимером, формирует себе тело и убивает Сеченова.
  5. Затем Захаров ломает Альфа-коннектор и отправляет П-3 в вечный Лимб (где тот счастлив в иллюзиях), а сам забирает контроль над всей сетью Коллектив 2.0. Итог: Захаров обманул нас и захватил мир.

Концовка 2 (Отказ от боя — «Хорошая» концовка) Если П-3 отказывается верить ХРАЗу и решает уйти:

  1. Майор осознает нестыковки. Он понимает, что модуль в его голове создал сам Захаров, и если бы Сеченов хотел поработить мир, он бы использовал именно эти скрытые импланты, а не создавал публичные устройства «Мысль».
  2. П-3 срывает перчатку с Захаровым со своей руки, отказываясь быть пешкой в чужой игре.
  3. Майор покидает Предприятие 3826.
  4. Слайды в титрах говорят о том, что сеть «Коллектив» функционирует нормально, а значит, планов по манипуляции разумом у советского руководства не было.

Эта концовка (уход Майора) концептуально перекликается с философией BioShock («Человек выбирает, раб повинуется»). П-3 впервые в жизни принимает самостоятельное решение, отказываясь слепо выполнять приказы, будь то приказы Сеченова или манипуляции Захарова.